女儿自杀之后,唐志军深陷颓唐和绝望之中。本来,他也想将注意力转移到事业上,但他苦心经营多年的《宇宙探索》杂志奄奄一息,即将休刊。唐志军的人生已经看不到什么希望,但他对于人生仍有许多疑惑和不甘。作为异于人类的变种生物,师父斯普林特和忍者神龟组成的“龟鼠家庭”一直在下水道过着隐姓埋名的生活。然而四小只却一直向往着外面的世界。当他们得知神秘反派超级苍蝇为非作歹、祸乱城市时,战胜邪恶、主持正义,进而被人类社会接纳的想法油然而生。当他们历尽艰辛,终于追踪到超级苍蝇时,却发现他及其手下同样也是变种生物。不过,遇到同类的喜悦很快被超级苍蝇想要毁灭人类世界的阴谋冲散。面对来势汹汹意欲统治地球的变种大军,四小神龟勇敢迎敌,一场翻天覆地的正邪较量即将上演!